Detailed description

J'ai développé ce pipeline en M2 bioinformatique, pour les besoins d'une équipe de microbiologie de l'université. Les étapes enchaînent contrôle qualité des séquences, nettoyage, recherche par similarité dans une base de référence et construction d'un arbre phylogénétique. Le tout est automatisé avec Snakemake. J'ai appris à écrire des outils pour des biologistes : documentation claire, messages d'erreur compréhensibles et paramètres par défaut raisonnables.

Problem solved

Au laboratoire, l'identification à partir des séquences se fait à la main, séquence par séquence. Le travail est long et sujet à erreurs quand les échantillons se multiplient.

Promised outcome

Le pipeline traite un lot de séquences publiques en quelques minutes et produit un tableau d'identification avec les scores de similarité. Les résultats concordent avec l'analyse manuelle.

Features

• Contrôle qualité des séquences
• Recherche par similarité
• Tableau d'identification
• Arbre phylogénétique
• Exécution reproductible

At a glance

Industry

Health

Platforms and compatibility

• Linux

Technologies

• Snakemake
• BLAST
• Python
• Biopython
• MEGA

Interface languages

French · English

Wilaya

Mostaganem

Trust

• Listing reviewed and approved by the myElite team