الوصف المفصّل

J'ai développé ce pipeline en M2 bioinformatique, pour les besoins d'une équipe de microbiologie de l'université. Les étapes enchaînent contrôle qualité des séquences, nettoyage, recherche par similarité dans une base de référence et construction d'un arbre phylogénétique. Le tout est automatisé avec Snakemake. J'ai appris à écrire des outils pour des biologistes : documentation claire, messages d'erreur compréhensibles et paramètres par défaut raisonnables.

المشكلة التي يحلّها

Au laboratoire, l'identification à partir des séquences se fait à la main, séquence par séquence. Le travail est long et sujet à erreurs quand les échantillons se multiplient.

النتيجة الموعودة

Le pipeline traite un lot de séquences publiques en quelques minutes et produit un tableau d'identification avec les scores de similarité. Les résultats concordent avec l'analyse manuelle.

الوظائف

• Contrôle qualité des séquences
• Recherche par similarité
• Tableau d'identification
• Arbre phylogénétique
• Exécution reproductible

باختصار

مجال النشاط

الصحة

المنصات والتوافق

• لينكس

التقنيات

• Snakemake
• BLAST
• Python
• Biopython
• MEGA

لغات الواجهة

الفرنسية

الولاية

البليدة

الثقة

• راجع فريق myElite البطاقة ووافق عليها